随着土地流转的不断深入，一大批种粮大户应运而生。以通州区为例，有以种植粮食为主的家庭农场247家，占全区家庭农场77.43%；粮食“全托管”主体480家，流转土地17.3万亩；至于粮食家庭农场、龙头企业等新型主体更是发展迅速。预计2018年，全区规模以上新型主体经营服务面积将占全区粮食面积的50%以上。
通州的种粮大户已经出现8年左右，在快速流转的同时，也带来了诸多问题。最近，通州区粮食局对全区粮食主产区8个镇（区、园、街道）以及江苏省环本农场的30家种粮大户进行了近一年的跟踪，发现，由于种植水平高低不平、相关经验参差不齐等原因，许多种粮大户出现亏损，有的甚至严重亏损跑路，退地弃种现象也屡见不鲜。
在诸多困难中，主要集中在在种植、收割、运输、烘晒、储存、销售等环节，还有部分大户硬件配套设施严重匮乏，影响了其健康快速发展。
种植成本居高不下。一是土地流转价格高。通州区每年的土地流转费从8年前的每亩500元左右，上涨到目前的800元左右。二是用工成本高。流转土地较多的种粮大户田间管理，一般都是雇佣专业人员管理，每年底薪在6万元左右，加上数万元不等的效益奖；农忙季节零工工资也逐年增加，由刚刚开始的每天50元，逐步上涨到目前的100元。三是农资成本高。农资在种植成本的占比由刚开始的15%提高到目前的25%左右。四是灌溉成本高。支出水电费已由原来的每亩50元，提高到目前的60元。另外，部分种粮大户流转的田块比较分散、零碎，没有形成大规模连片模式，增加了机械化种植和管理难度，提高了成本。
收储成本不断上升。一是收割成本高。大多数种粮大户都是使用自己的机械完成收割，但是流转土地较多的只好外包，每亩费用由开始的50至60元，提高到目前的70至80元。二是运输成本高。一般10吨货车运费每公里高达40元，平均运费折合粮食价格每斤至少2分以上，也有约20%的种粮大户干脆忍痛在田头直接销售给贸易商。三是烘干成本高。目前的烘干机大多采用燃油，如果是规模烘干，每斤粮食需燃油费4.5分，电费0.2分，人工、汽车卸运等0.2分以上，机器折旧、厂房、土地成本等还不在内，如果大户所烘粮食不足且需要单独烘干，每斤降低5%水分起码要7-8分。
农资采购缺乏指导。每年粮食种植前，种植何种粮食、选择何种品牌的种子，心里没有一个准，也没有得到具体帮助和指导，基本上都是从种子公司采购，可供选择的不多，也不太了解种植何种品种适宜、对比效益比较高，好多都是跟着感觉走，有的甚至去年种啥还种啥，别人种啥也种啥；需要肥料与农药时，也是就近采购，有时甚至购到假冒伪劣产品也浑然不知，即使后来获知了也没时间和精力去维权，即使去维权难度之大难以想象，有的甚至得不偿失。
补贴资金少贷款难。当前政府对农业补贴不可谓不多，但是真正给种粮大户的补贴不多，尤其实行每亩120元的农业支持（耕地地理）保护补贴资金是通过一卡通直接发放到农户银行卡上，种粮大户是无法获得的，有的补贴即使是给种粮大户的，也不能及时到位。另外，广大种粮大户普遍觉得贷款手续较繁琐，而且门槛很高，很不容易能贷到款。
设施用地难以落实。在诸多种粮大户中，大部分没有机库停放机械设备，也没有仓储设施，主要是粮食仓储、晒场等土地指标无法落实，许多种粮大户的各种机械常年日晒雨淋，生锈腐蚀严重，维修成本加大，使用寿命缩短。特别是粮食集中收获期无晾晒场地，90%以上的粮食是直接临时堆放在彩钢房内，仅有约10%的堆放在自有小仓库里，或放在自制的拥有通风笼的圆堆仓房里，由于大多数不能及时晾晒，就谈不上储藏，有时只能选择贱卖给粮贩，经济效益受到影响。
过分依赖托市收购。由于近年来国家每年都对小麦和稻谷实行托市收购，许多种粮大户只注重如何科学种植，夺取高产稳产，不能很好地选择优良品种去占领市场，每年粮食销售大多只能依赖托市收购。
抗击灾害能力不强。2015至2016年，通州区在粮食作物收、种的关键时期，都发生连续的阴雨天气，造成成熟的小麦、水稻无法正常收获，下季作物不能适期播种，加上收割能力不足，还延误了农时。有的种粮大户目前还没有烘干设备或烘干能力不够，也有的即使有烘干设备，烘干知识缺乏，烘干技术不过关，由于不懂得如何科学烘干，烘干品质不能保证；农田基础设施配套不到位，遇到连续阴雨气候时，排灌设施更是形同虚设，难以发挥较好的排涝作用，影响了粮食正常生长；缺乏简单的粮食检验设备以及基本的检化验技术，一旦遇到自然灾害，都不知道自己生产的粮食到底是否符合有关标准。
种粮大户是土地联产承包以来出现的新情况，对我国粮食安全作用不言而喻，需要各有关方面全力支持保护，全面精准扶持。党的十九大报告强调，“确保国家粮食安全,把中国人的饭碗牢牢端在自己手中”，因此对当前种粮大户面临的需求、困难以及制约规模化种植的瓶颈，需要大家一起去调查研究、帮助解决，以提高他们的种粮效益，进一步提升他们的积极性，服务我国粮食宏观调控。